我中了Downloader.Trojan病毒,可是清除失败,只能隔离,我把这个文件删除了,可是怎样做才能彻底杀掉呢?

关于Update.exe这个进程，下面这个百度知道的链接上有比较全面的解决方法。你自己去看看吧。
http://zhidao.baidu.com/q?word=Update.exe&ct=17&pn=0&tn=ikaslist&rn=10
而Downloader.Trojan一个恶意程序的下载执行的程序，可以视为木马吧。
你可以试试用下面的办法来解决：
从网上下一个叫“冰刃”的软件。这是一个绿色免安装的小软件，可以放心使用。
这个是下载地址。
http://www.ttian.net/website/2005/0829/391.html
这个是它的详细用法。
http://www.ccw.com.cn/soft/review/htm2005/20050930_2107Z.htm
一般来说，不管是木马、病毒进入我们的机器后都是“三隐”的即隐进程、隐服务、隐文件的，利害的能将杀毒软件有实时监控给杀死！但在这个冰刃里，它是无法遁身的。开启的非法进程会以红色显示出来。

至于杀毒软件，应该说各人有各人的喜好，下面给出的链接上你看看比较一下：
六款主流杀毒软件横向评测
我中了Downloader.Trojan病毒，怎么杀？ 我的电脑中了 Trojan-Downloader.JS.IstBar.ai 我中这个病毒了Trojan-downloader.Win32.Agent.apj 我中了Trojan-Downloader.Win32.QQHelper.mo 我中了病毒trojan-downloader.win32.age，怎么办？ 我中了木马程序 Trojan-Downloader.Win32.VB.alz 我中这个Trojan-Downloader.VBS.Small.az病毒了 我中了Trojan-Downloader.Win32.Small.eil病毒!! 我中了Trojan-Downloader.Win32.Small.eil 我中了木马程序 Trojan Downloader.Win32.Agent.elo 用卡巴删不掉