每日万分之四的计算方法,约定无效吗？

1.最高人民法院关于逾期付款违约金应当按照何种标准计算问题的批复，现在已经基本不再使用；

2.合同约定一般有效，对方如果认为太高，可以根据公平原则申请法院减少，是否减少由法院决定，一般法院会依照合同判的。

违约金没有计算的问题,你说的应该是赔偿金的问题.
我国的民法和合同法上都没有对违约金明确计算的方法.违约金应该依据合同上的约定,对于约定违约金的多少问题一般都是订立合同的当事人参照同类合同或是行业上的惯例进行约定.
象你举的例子好象不是违约金而是滞纳金,滞纳金也是从其约定,法律上没有明确的规定.
滞纳金是起惩罚警醒督促的作用并不是用来弥补损失的所以其规定的一般都很低,万分之几可以了,不少了.

有效的。