我有去德国四年的签证，但是干了三年，现在想去日本，请问一下，现在护照上的签证会不会影响去日本？谢谢

不会的。只要你没有不良记录。签证四年，你做了三年就回来，这很正常，不是说签证签多少天，就一定要呆多少天的。你逗留时间比签证有效期长，才是个问题！各国之所以签证控制严格，是因为担心非法拘留和非法移民等事情发生。你呆了三年，更没有移民倾向了，怎么会影响日本签证。
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大使馆绝对不会问你为什么提前回去！即使问了，这也不是问题，任何理由都可以。因为大使馆不给你签证的原因，就是怕你非法逗留！你提前回去，说明你没有非法逗留，怎么会成为阻碍签证的问题呢？？！！