超过90天对方单位没有认证的增值税发票退回，如何处理呢

拿回来的发票联不能作为原始凭证入账.
如果对方不需重新开具发票的话,可以不做处理,把退回来的发票保存好就行了.
如果还要重新开具发票,你需要对方到对方税务局去开具证明.能不能冲红你可咨询一下你当地的国税局.

对方退回，你们这边开具负数发票冲红，按照正常的会计科目记帐，金额都记负数，应交税金－增值税记负数。
具体的增值税专用发票冲红可能要提供合同之类的资料，去你们所属的税务局详细问一下吧

由于对方的原因没有认证，你可以不接受退票。