是不是只有核子反应与正反物质碰撞产生的湮灭反应，物质与质量才能转变成能量？

理解有问题，物质的能量与质量是同时存在的，并不是谁转成谁，而是相互依存，不能单独存在。
湮灭后质量仍然存在，只不过存在的形式改变了，举例来说正负电子湮灭产生光子，光子有质量。

物质与质量“转变”成能量，移动的质量可以大概理解为能量，两者可以说是一个概念，参见质能方程。