合金弹头3背景故事

继MS2之后再次飞越巅峰! 系列的2000年最新作。仍旧沿用2代的系统，补充了一些适用于特定环境的弹药品种，但其中绝大多数都已经在MSX中有过表演。本作的主要热点就是分支系统的加入，同一关有不同路线可走，场景以及出场敌人会有很大不同。主角的状态比起MS2大大丰富了，除了很受欢迎的胖子，令人头痛的木乃伊化之外，潜水，宇航，飞行各种状态都有不同的火力表现，特别是丧尸化主角的“吐血绝招” 即使是BOSS也只能挨几下。在MSX中的谜之隐藏关所登场的潜艇，直升机等乘物纷纷现身，鸵鸟，大象，钻头坦克...几乎到了眼花缭乱的地步。MS3无愧于它超越《拳皇2000》的MVS有史以来最大容量。

由于在镇压Morden叛军的行动中起了重要作用，Falcons的Marco和Tarma名声大噪,他俩在组织中的辞呈也被否定，他们被命令去领导Falcons。此时，叛军首领Morden的档案里被打上了“失踪”的印记，他的部下们也纷纷隐藏了起来。由于Marco和Tarma具有出色的战斗素质和丰富的战斗经验，所以在全世界爱好和平的人们的心中，他们在剩下的摧毁叛军堡垒的行动中是不可或缺的人物。然而，就在对残敌的猛烈打击中，在全世界人们的欢欣鼓舞中，第三个邪恶的支配世界的计划也已经在酝酿了。
Morden一定还活着！ 他并没有放弃！

同时，Sparrow，一个政府并未注意到的工人组织，在追查Morden将军行踪的行动中却遇到了一系列奇怪的事件。从政府职员的假发全部消失，到一个怪异的大家伙（也许是个艺术家的新作品吧)突然出现在城市中。这些看似可笑又有些怪异的事件带给人们不祥的预感。 Morden将军并不是唯一的需要担心的人物。

在这种情况下，Falcons和Sparrow这两个组织决定联手调查这些事件。他们的力量也更强大了。同时，军方在调查中发现了一个叛军控制的人工岛，并决定进行突然袭击。Sparrow请求军方让他们派人参加这次行动，因为分析揭示，Morden的叛军一定和这岛上的神秘事件有关，贸然进入一定会带来巨大的损失。但最高统帅部却对这些嗤之以鼻。
军方坚持认为，城市中的怪事和Morden的叛军并没有什么必然联系。碍于IA（大概是Sparrow中在世界上有影响的人物）的情面，军方没有拒