对新土地管理法了解的朋友帮帮忙!

不知道您所说的活期土地证是什么了，我国法律规定的拥有土地使用权的唯一合法凭证就是土地使用权证书了。

所谓临时土地证，应该属于临时用地一类，应该纳入出租土地的范畴。这个与土地管理法的新旧没有关系。况且，临时土地证过期，政府收回土地是正常的。
根据新的土地政策，如果原来没有确权的土地，现在要用作商业用地，还要公开挂牌出让，特别是单位改制的用地。

PS：土地证没有活期和死期之分。

首先，按照你的说明，可以说你的土地权利来源肯定是违法的。单位没有权利分给你们土地。
其次，你说有一张协议书，并办理了临时土地证。我不知道你说的临时土地证是一个什么样的东西。有部分地区存在临时土地证这一说法，一般是批租或者出让了出让金没有交全，对于这种土地证，如果办理了正规的土地出让手续，是可以像你说的“转成正规的土地证”的。如果说那个协议是单位分给你们土地的协议，那么可以说，这个协议基本上是无效的，但是收回土地应该是政府，不是单位。
按照你说的，可以初步这样判定：1、你们和单位签订的协议只能算是租赁协议；2、单位没有权利分给你们土地，这个协议是不符合法律法规的；3、如果说你们按照协议支付了全部合同规定价款，那么根据保护第三者权益的原则，单位没有权利收回土地，但是根据你们协议的条款则另当别论。
建议通过法律程序，这是民事诉讼的范围。