增值税发票对方退回来已过3个月的期限了，不能作废了，现我公司要这么处理

按退货处理吧，靠红字发票，具体如下：
第十四条 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》（以下简称《申请单》，附件3）。
《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。
经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。
经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
第十五条 《申请单》一式两联：第一联由购买方留存；第二联由购买方主管税务机关留存。
《申请单》应加盖一般纳税人财务专用章。
第十六条 主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》（以下简称《通知单》，附件4）。《通知单》应与《申请单》一一对应。
第十七条 《通知单》一式三联：第一联由购买方主管税务机关留存；第二联由购买方送交销售方留存；第三联由购买方留存。
《通知单》应加盖主管税务机关印章。
《通知单》应按月依次装订成册，并比照专用发票保管规定管理。
第十八条 购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。属于本规定第十四条第四款所列情形的，不作进项税额转出。
第十九条 销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。
红字专用发票应与《通知单》一一对应。

超过90天,就不能开具红字发票了.
那部份税金只能白交了

过90天，不能开红票了，对你们销货方来说，帐务没有影响啊。

让对方公司开退货证明好了