房子是我建的，但我叔叔用他公司的名义办理了房产证，请问现在我该如何讨回房子的所有权？

法律只认最有效证件

没办法~

谁叫你事先不协调好的~~

第一，你应该先去房产登记部门申请核查他的登记材料是否属实，是否出现盗用和欺诈行为，如果有上述行为你可以向登记机关申请更正，具体在《物权法》有相关规定
第十九条 权利人、利害关系人认为不动产登记簿记载的事项错误的，可以申请更正登记。不动产登记簿记载的权利人书面同意更正或者有证据证明登记确有错误的，登记机构应当予以更正。
不动产登记簿记载的权利人不同意更正的，利害关系人可以申请异议登记。登记机构予以异议登记的，申请人在异议登记之日起十五日内不起诉，异议登记失效。异议登记不当，造成权利人损害的，权利人可以向申请人请求损害赔偿。
第二十一条 当事人提供虚假材料申请登记，给他人造成损害的，应当承担赔偿责任。
第二，你也可以通过其他渠道申诉自己的物权
《物权法》有相关规定
第三十二条 物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。
第三十三条 因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。
第三，你要提供的证据有：土地使用权证，建筑施工合同，初始登记证（就是建房时国土资源部门给你的建筑许可证）。

你们事先没有去公证处开证明
如果所有的证明都是指向你叔叔的话，你就没有办法了
如果你有证明的话，可以到法院起诉，前提是证据确凿

有同感。。不要用武力去解决！这样会越来越难办！

楼上的已经说了！就不多说了！但不要用武力去解决！这样会越来越难办！