这样算不算非法经营罪?

1这要看实际情况。
2如果经销商未与公司签订代理协议，并且办理医疗器械生产许可证的话，以他人名义进行销售的话，情节严重就构成非法经营罪。
3反之就不构成。

发票和往来帐都走那家公司，说不上不违法，行业潜规则吧。

你没有经营资质，即使签署代理协议也不合法。如果这样，没资质的都钻空子了。

不算，因为你隶属于单位

应该不属于啊，你既然挂靠到公司，用公司的产品，销售到哪是你自己的事啊~

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不违法的啦