夫妻婚后的财产的分配问题

有效。
虽然他们共有财产是五百万，离婚时妻子可以分得二百五十万，甲似乎侵害了乙的权利，但民法规定了，公民对自己的民事权利享有处分权，即可以主张属于自己的权利，也可以放弃自己的权利，双方协议给乙一百万，并被乙认可，即说明乙放弃自己的部分权利，且协议在协商一致的前提下签定，因此协议有效。

如果是共同财产应该是对半的，这协议要看具体是什么情况的了。