公司会计忘了认证增值税发票,16万元的增值税未抵扣,为些给公司带来11万元的损失.该员工应赔偿公司多少损失

按劳动合同约定，或单位规章制度。如果合同没有约定，或单位没有相关的规章制度，全赔是不可能的，按公司与该员工的责任分担。

超过了发票认证期限了吗?如果没超过的话其实对你们是没损失的啊,因为这个月再认证,税额是可以留抵的,意思就是如果你这个月的销售税额没达到那16万,就可以不交税的,多的税额还可以挂着抵.
如果真的是发票已经超过了,真要财务赔偿,也没有相关的定论,我觉得那样的话最好和你们的供货商联系一下,做退货,你把发票给他们,然后让他们开负数发票冲帐,再给你们开正数发票,这样操作是比较麻烦一点,但应该能解决问题.
如果发票还没超过认证期,你们是真的没损失的,只是现在一下拿出去那么多钱而已.以后就可以少交了

增票的抵扣有效期为三个月，如果超过三个月，就不能抵扣了。
赔偿的话，还是先协商吧，这个没有定论的。

这是个未知数，当然也有知道的，那就是法院，他们说多少就多少！当然你有其他渠道或能力就另当别论了~！