我和男方分居两年，我在异地男方扣了我的结婚证我该怎么向法院申请离婚？

可以去公安机关调男方的身份信息，以及你们登记结婚的时间的地点，然后再委托律师帮你起诉离婚。
《婚姻登记管理条例》第十四条：“当事人离婚的，必须双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记管理机关申请离婚登记;申请时，应当持下列证件和证明：(一)户口证明; (二)居民身份证; (三)所在单位、村民委员会或者居民委员会出具的介绍信; (四)离婚协议书; (五)结婚证。”

可去民政局开证明，照样可起诉离婚。就离婚问题，如双方协商成功，就离婚、财产分割、子女抚养问题、债务承担问题达成协议，可去一方户口所在地民政局办理离婚登记;如双方协商不成，可诉讼解决。你应该提供相关证据证明双方感情破裂，并可委托律师代理案件。
婚姻法相关规定：
第三十二条 男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应准予离婚：
（一）重婚或有配偶者与他人同居的；
（二）实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改的；
（四）因感情不和分居满二年的；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提出离婚诉讼的，应准予离婚。

你可以到民政部门开婚姻证明，就可以