客户要退货，开的增值税发票是08年元月份，到现在已经超过90天，还能办理退货开红数发票吗？

可以的。

第十四条 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》（以下简称《申请单》，附件3）。
《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。
经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。
经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
第十五条 《申请单》一式两联：第一联由购买方留存；第二联由购买方主管税务机关留存。
《申请单》应加盖一般纳税人财务专用章。
第十六条 主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》（以下简称《通知单》，附件4）。《通知单》应与《申请单》一一对应。
第十七条 《通知单》一式三联：第一联由购买方主管税务机关留存；第二联由购买方送交销售方留存；第三联由购买方留存。
《通知单》应加盖主管税务机关印章。
《通知单》应按月依次装订成册，并比照专用发票保管规定管理。
第十八条 购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。属于本规定第十四条第四款所列情形的，不作进项税额转出。
第十九条 销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。
红字专用发票应与《通知单》一一对应。

首先该客户所持有的增值税专用发票是否已经认证.如果已经认证可以到所在地国税局办理开具红字增值税专用发票通知单.你单位凭此通知单开具销项负数发票.反之,该份发票没有认证的话,那就不能开具红字发票.税额就不能抵扣.仅作普通发票入帐.

按照正常情况 按税法规定是要开退货发票的 但是要找你客户所属地区的税务局办理 正常他会告诉你可以办。。。但是时间可能一年半栽的吧。。。
所以我建议你和客户协商解决