我看到北京工业大学的材料科学与工程可以直博，待遇也不错

显然应该南开，学校名气很重要阿！要不然你一定后悔。到了南开大学你还是可以考研的。直博并不能说明什么，可以直博的一般都是博士生源不大好，希望学生一直读下来的。
材料科学是工科一级学科，而南开是偏理的，但是本科理论学的好些，以后发展也会宽一些。
名校效应就是你即使学习成绩一般，仍然可以找到不错的工作。

建议选南开，毕竟有名望的学校还是更加有价值吧。