我的专业是电气工程及其自动化,但是是学日语的,想问一下考研能考哪些院校?

上海同济大学

不明白你的意思，你的专业是电气，怎么又学日语呢，你的意思是外语不学英语学的日语吗？如果这样，你考研可以继续考本科的电气专业，外语统考就考日语，通常学校考研基本都是外语可以选择考试的。
我本科是日语，考研转了专业，但是外语统考就考的日语。