关于《黑客帝国》结局的几个问题？

1.为什么“先知”和“造物主”这些电脑程序都没消失？
没有消失，因为作为救世主的尼奥并没有消灭源程序(即造物主)。而是跟它达成一个协议，尼奥用自己的生命去帮助造物主消灭已经无法控制的史密斯，而造物主不再攻击锡安的人类。

2.真实世界本来是一片黑暗、肮脏的建筑物。为什么在结局处，“先知”她们看到的却是那么洁净的城市？
还有“先知”说“好美”，然后问那个女孩子“这是不是你做的”，这是什么意思？
首先，她们还是在母体中，不过不知道楼主有没有注意到，整个三部曲中，母体中的颜色都是泛着绿色的，只有锡安这个人类的根据地才是用的世界的本色。最后的日出，也是三部曲中唯一一次在母体中看到太阳，其实，这些都只是个象征，象征和平来了。至于先知对小女孩说的话，因为小女孩是程序，那些日出的美景其实也是程序造出来的，这样说也不为过。

3.电影里。是“造物主”控制Matrix，还是Matris控制“造物主”？或者说“造物主”只是Matrix里的一个工程师或者管理员？
造物主控制matrix(母体)，母体是他一手建造的，已经经过了好几代了。里面的一切都要受他的控制，只是后来史密斯成了病毒，已经超出了造物主的控制范围，所以只好接受尼奥的条件。