协议可以规定企业所得税由买方交吗？

可以。
从税务局的角度讲，它不管谁交，只要别欠税就行。
承担税费，实际上是一种成本费用的转稼，这个只是双方利益分配的问题。这样做并没有违反相关法规，因此是允许的。

这不涉及税法,而是涉及合同法,按理外方缴所得税,你们只代扣代缴.但协议里肯定关系双方买卖划不划算的问题,协议都签了,老板肯定也同意这部份税费由你们承担,买卖价格的问题.

纳税义务不随约定而转移，如果协商由你公司承担，就相当于变相增加了协议金额，但纳税义务人还是外国公司，你公司替他们缴的税还不能在所得税税前列支，亏的还是你们公司。

允许!只是计税基础会有变化!