我的瑞星杀毒软件只要一运行升级程序，任务管理器里就会有个setup.exe的进程占用100%CPU。

你这种情况可能是中病毒了或者是瑞星被病毒破坏了！！！
你这样试试吧
开始--程序--瑞星杀毒软件--添加删除组件--修复
防火墙：
开始--程序--瑞星个人防火墙--添加删除组件--修复
都修复完后重启电脑
重启后，将杀毒软件和防火墙升级到最新版本！！！ （必须在线升级，不能用升级包升级）
再来次全盘杀毒就行了！！！
不知对你好不好用试试吧！！！

关于楼主说的setup.exe 在瑞星升级的时候出现占用CPU100%的现象是非正常多的。楼主可以先修复一下瑞星，然后查看是否还有问题。
方法如下：依次点击『开始』－『程序』－『瑞星杀毒软件』/『瑞星个人防火墙』/『瑞星全功能安全软件』－『修复』，按照提示修复完成后，然后重新启动计算机。 注意：修复的时候取消勾选『保留用户配置文件』。
如果仍有问题，建议您尝试卸载瑞星软件重新安装并升级至最新版本。卸载方法：请依次点击『开始』－『程序』－『瑞星杀毒软件』/『瑞星个人防火墙』/『瑞星全功能安全软件』－『修复』－『卸载』，按照提示完成后重新启动计算机。注意：在卸载过程中取消勾选『保留用户配置文件』，勾选『删除瑞星安装目录』。
瑞星安装程序下载地址连接：
http://pc.rising.com.cn/

setup.exe就是你的瑞星杀毒软件的升级程序
出现这种情况我想原因应该是你的电脑的资源比较紧张
在安装瑞星杀毒软件时,对升级程序的设置默认为自动升级 这就是说,你开机时瑞星杀毒软件将会开始自动升级,如果你用的是拨号上网,那开机时就不会马上连接上网络,而升级程序会一直不停地重试网络连接,就这样占据了许多系统资源.对本身电脑配置不是很高的用户 就会表现出setup.exe的进程占用100%而其他程序(包括瑞星主程序)响应缓慢甚至无响应的状况
解决方法可作如下尝试(由于我是2年前用过瑞星,现在已经没用了,所以只是参考)
1.从瑞星方面:在设置里面找到关于更新方面的,关闭自动更