飞船里面有没有细菌，回来后会不会变异，如果有变异，那么理论基础是什么？

有 ，部分会变异，因为在太空中有很强的辐射

变异应该是有的。
飞船上天之前都会经过严格的消毒处理，以免带出地球细菌。当然，要完全消灭飞船内的细菌是不可能的。
理论基础就是太空环境。低温，强辐射，高真空，微重力，宇宙射线，高能粒子都可能诱导基因的变异。