我在U盘裏新建了文件夹，文件夹裏面放了一个文件，第二天打开U盘就发现我新建的文件夹变成了应用程序？

用WinRAR或者7z之类的打开你的U盘，找到里边可疑的exe文件或者类似Autorun.inf、Auto.exe这类然后删除，建立一个和可疑文件同名的文件夹防止其再生，说不定电脑里也已经有了病毒，用杀毒软件或者专杀工具全盘扫描。

1、把exe 的文件夹删了，原先的文件夹都有，只是隐藏了。
2、下载病毒专杀工具进行查杀。推荐专杀工具：http://www.jz5u.com/soft/security/virus/7728.html

中病毒了，病毒把文件夹伪装成他的程序引诱你运行，不信你用WINRAR打开的你的U盘看看。
这个，你用杀毒软件或一些U盘病毒专杀软件扫一下你的U盘吧，因为我只在打印店里见过，自己电脑没中过，所以不好说