客户把未抵扣的抵扣联弄丢了,怎么办

销售方你公司去所在国税局申请《增值税丢失防伪税控发票已抄报税证明单》，然后交给客户。
客户带着你公司提供的证明单和发票联复印件到自己公司所在国税局以复印件认证抵扣，然后把认证结果和发票复印件作依据，就能做账了。
可能要接受一点罚款。

可以用记账联去抵扣，并用记账联做账，用记账联的复印件存查

第一步：由客户出具一份发票丢失说明，且必须加盖公章。
第二步：作为销售方，你拿着这份说明到当地税务局去办理已抄税证明。
第三步：把一抄税证明及你们留存着的发票存根联交给客户方，客户方到其所在税务局办理发票认证抵扣。
第四步：销售方拿回发票存根联，并同时把该发票存根联的复印件加盖发票章以后交给客户方，作为对方入账的凭证。（存根联任由销售方保留）

说明：由于该发票的丢失责任在客户，那么他所在的当地税务局会要求他罚款，罚款的金额根据各税务局不同而定（客户方发票丢失的罚款一般远低于作为销售方发票丢失所要交的罚款）。而你们作为销售方只是在整个过程中要消耗部分人力来帮助他们完成这个流程。