如何将matlab程序同时分配在两个CPU上运行，目的是减少运算时间

如果是单机，多CPU，Matlab7.4 (2007a)以后的版本支持多线程运算，
在File -> Preferences -> General -> Multithreading里打开。Matlab会自行吧运算任务分配到各个CPU。效率不算很高，但还是很明显的，而且是最简单的方法。

如果需要多机协同运算，就要使用Parallel Computing Toolbox，比较复杂，我还不懂用，就帮不上忙了。

是不是有这样功能的服务器会自动这样做呢？

这个是属于并行计算。
另外还要看你的两个CPU是什么意思，是主CPU和协CPU，还是说它们是同等地位的呢？还是指两台机器

并行计算还是一个大热点问题。