广州户口已经办理港澳自由行，可否在深圳申请去澳门的

不行，如果你是广州户口的话就一定要回到广州办理签证后才可以再去，我自己也曾经遇到过此事

原则上一定要在广州办.
不过如果有可以信得过的广州朋友.可以直接在广东公安厅的网页上申请签注.选快递.上门的时候让你朋友凭你的身份证去做交接
以下是网址
http://www.gdcrj.com/wssq/

在广州签,打电话96897就行.试试.