我要辞职，但是合同上写着自动离职的话，公司要扣除帮我交纳的养老保险，这合法吗？

肯定不合法，这是典型的霸王条款，企业必须为员工交五险，而且不得以任何理由要求从工资中扣回，这是没有依据的，而且你看到的是纸贴的，并不是原文，他们很有可能事后贴上去的，你可以说，在签合同时，没有看到这条，他们是后贴上去的，同时，企业如果不为员工上五险，本身就可能面临被罚款的情况，他们这样做，是变相不为员工交五险，一样要面临被罚款的。
去仲裁吧，劳动局会保护你的权利的。
还有一种方法，就是你自动离职，等把钱发到你的户头再计划下一步，企业不能以任何理由扣着员工的保险或档案，他们长时间扣着你的档案，你去劳动局仲裁也没问题。

当然不合法了，尽管起诉他们，这个合同首先违法了，所以不会受到法院的采纳。

外加的这个条款无论其内容还是其形式，不管你本人是否同意，都是违法的，属于无效条款。如果所有的单位在劳动者签好劳动合同后都去粘贴不利于劳动者的条款，那还了得？？？！！！法律肯定是不允许的。再说为劳动者缴纳社保是单位的法定义务，即使劳动者同意单位不缴纳也不能免除单位的法定义务。这就像一个人杀了人，而被害者家属原谅了他，不起诉他，也不会因此而取消了他应承担的法律责任，还是要被检察院提起公诉接受法律的惩处的。你放心去申请劳动仲裁吧，肯定胜诉的。

不合法的