自动设置关机但上面还有运行文件时对电脑有伤害没？有的话伤害大不大？

你没说装的是什么操作系统，如果是安装的NT平台下的操作系统（如：Windows XP、Windows 2000、Windows 2003、Windows 2008、Windows NT之类的）除了不会对电脑有伤害之外，连操作系统也不会有伤害。
当然，关键还是看你的关机方式，如果你所使用的关机软件是强制关机的那种，你的操作系统肯定会有中奖几率，如果是使用类似“千千静听”之类的软件，肯定不会中奖。
其次，再告诉你一点，在电脑关机后的大约3分钟内不要再次开机，一次半次看不出什么效果来，但总是那样操作会对硬盘产生损伤，它工作时是在高速旋转（5400、7200、10100……），当关机后大约2~3分钟才会完全停止旋转。

应该没有吧

这是正常关机，无伤害，程序未正常退出可能会丢失数据

没有伤害的，设置的关机属于电脑正常关机，在关机以前，电脑会自动退出在运行的程序，然后关机！

同意三楼的回答，我经常这样关机的，QQ挂着，宠物也挂着，自己有事情先走，就定时关机了，从没有出什么事情！