向公司借款不还公司扣发工资是否合法？

当然不合法
两个不同的法律范畴
你跟公司之间的活动费用的纠纷使用民法相关法则
跟公司之间的薪酬使用劳动法的相关细则
告丫的 先拿回工资再说
PS：这样的财务是很讨厌的，财务应该是了解公司的业务架构再把收支按照不同的业务种类的灵活处理，遇上你这样在一线辛苦回来还要看受财务气，这种财务该死了，你先试着从老板层面来解决。

回复free6803：你欠银行钱，银行完全没有权利查封你的财产，如此执行行为，只一机构有权，法院。

不合法！
但倒也合理！

不合法。你与公司的借款属于民事纠纷中的债权债务纠纷，公司扣发你工资属于劳动纠纷。