关于双串口硬盘的问题

请教高手。我现有两个希捷串口硬盘，一个是160G，一个是250G。
250G是今天刚买回来的。
我拷了一部分动漫放在了250G硬盘上（注：250G硬盘只分了一个区）。
然后重新做了系统。本意是把系统做在原160G硬盘的分区C盘上，可做完系统进来后，看到250G硬盘刚拷的动漫没有了。
什么原因？难道刚才做系统的时候，两块硬盘同时都GHOST了？
现在我又把250G硬盘重新格式化了一片。仍旧是一个分区。
我想问一下
如果我下次还原系统的时候
是不是又会出现两块硬盘同时GHOST的情况
不能每次还原系统，都要把250G硬盘拔掉吧。
如果是这样，如何能避免这种状况再发生呢？请高手指教
好像没看懂我的意思。
我250G的硬盘只分了一个区，而且不想再过多的分区
我的意思是现在貌似每次我做系统或者还原系统，都会把160G的硬盘的C盘和250G整个硬盘覆盖了
有什么解决方法。串口硬盘无主从之分，但可以再BIOS里设置
而且SATA线，160G硬盘我插在主板第一个槽里，250G的插在第二个槽里，应该妹问题
我想问的是如果我如何在BIOS 对160G和250G硬盘设置
而不会因为做系统或者还原系统 从而导致 系统文件同时覆盖160G的C盘和250G的整个单一的分区，我需要的仅仅是让系统文件只覆盖160G的C盘。
而不是两个硬盘的第一分区都覆盖。。。

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