为什么不能说Where are you milldle school，告诉我原因

原因就是你这句话翻译就是：你是哪儿啊中学

你肯定想问“你的中学在哪?”
所以应该是Where is your middle school?
your才是物主代词“你（们）的”，整个句子的主语是“你的中学your middle school”，是第三人称，所以用is了。
you是人称代词，当对you提问时，才会用Where are you?
明显，你是想问middle school，否则你写个middle school干吗？千万不要杂糅哦，分析句子一定要划清句子成份。
另外，middle拼写错误了。

you不对 应该说your
you是你的意思 而your 是你的 的意思
还有你的milldle不对 应该是middle
重要的表语你也写错了 应该是is ，因为学校是单数
where is your middle school

还是一样的。把它改为陈述句。
your middle school is in(where).
middle school是单数形式所以用is.
要用your不能用you.否则句子有两个主语

你是小学生？

基本上一点英语基础都没有啊。。。得从基础补起，还是找个老师系统的教教比较好。

middle school是一个名词,要用物主代词your来修饰,表示"什么什么的(学校)".