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好氧菌就是在氧气充足时能进行正常的有氧呼吸，若氧气不足则不能进行呼吸作用。（一般最适生长的氧气的体积分数≥20％) 比如硝化细菌
(根据微生物与氧气的关系可以把微生物分为：好氧菌、微好氧菌、耐氧厌氧菌、兼性厌氧菌、专性厌氧菌。)
如果是原核的细菌、放线菌则没有线粒体，其有氧呼吸的酶主要分布在细胞膜上；但如果是真核的真菌（比如蘑菇）就应该有。