这会得罪法官吗？——我的管辖权异议上诉被驳回了。

关于你的问题，我认为你没必要担心。
1、毕竟法官也要按法律规定办事，一审法院确实有瑕疵的，应当指出，这是你的权利。如果因此而导致二审法官对你不满而出现在法官自由裁量环节的偏颇，你还可以向上级人民法院提出申诉。
2、对方律师和法官挺熟这是很正常的一种现象。记得中国政法大学有位知名教授说过：“律师的工作在法律之外”但是如果你认为对方律师与法官的关系会导致法官做出对此案不公证的判决，你可以提出相关证据申请要求该法官回避。

法官一般不敢乱来，但也有的确实乱来，如果乱来你有上诉的权利。

理论上应该依法审判，现实中可能是另外一样。既然你申请异议，就说明你肯定预示到某种不公的存在，现在被驳回了，估计这种不公就有可能实际发生了。

没关系

上诉状没有毕要评论法官，这是离题了。至于让法官不快，那完全是主观的，谁也无法知道，除了本人。对方律师跟法官很熟，如果确实有证据证明会对你的案件有有失公正的影响，那你可以申请回避，或上诉。