柯南里秀一和这帮CIA是怎么进入黑衣组织的?

进入组织是通过找到了组织的某个成员然后渗透。
你对这个组织的理解有严重问题，这个是一个金字塔型的组织，不同等级的成员权限不同。比如琴酒（就是搞定新一的那个）属于行动高层，他有权利指挥调动所有行动人员，还有随意杀死成员的权限，而雪梨（灰原）属于研究中层，她有权利接触到APTX，但是连离开实验室或者是接触其他人的权限都没有。
因此，现在为止能够渗透进组织的人充其量就只能是个中层干部，组织高层有什么人，组织的具体计划他们都是不知道的。
另外根据身为研究中层的灰原的说法，组织已经渗透到了至少日本的中央政府，妄想通过正常途径（警察）抓捕像琴酒这样的高层的情况会事先因为消息泄露而导致知情者被杀人灭口。
明白？

做卧底，因为秀一的女朋友原来是黑衣组织的
不抓估计因为证据不够吧~~

秀一用假身份进的组织，但是在一次接头任务中被自己人暴露身份。因此造成了灰原姐姐的死。直接抓了还怎么编剧情？青山还怎么赚钱？

制造假身份混进去的，要引出幕后的老大或不打草惊蛇

他们可能嵌入的地方并不是总部，书中那位先生也总是很神秘，并不出现。若他们很鲁莽的把GIN等人抓起来，幕后黑手一定会逍遥法外。或许他们的目的也是查清BOSS是谁，将这个庞大的，在美国日本这两大经济强国都打下坚实基础的组织连根挖掉。至于明美，FBI呀，有多么强大的搜查能力，他怎不会知道她是组织的人？