开了一张转账支票，还不确定哪家公司入，谁入了，必须是那家公司开票（不是增值税票）给我们公司吗？

严格来说是这样的，但实际上很多公司是直接上别的地方花了，你也没办法。
要是想避免以后有罗乱，可以在收款人上先把他们单位写上（发票上有全名），他们要是非要转让也得背书，以后就算出现乱帐的情况，你公司也有据可依。

这个就不好说了。为了防止这种情况，开转账支票时一定要填写收款人（公司）名称，如果收款人需要转让时需要背书，否则银行不给兑付。

说是如此,但实际操作并不是对号入座.很多大型企业对这个管的很严,开支票必须写全所有项目.如果对方需要给其它单位则只能背书.

按规矩说这样的，但现实并非如此，一般税务和银行说两套系统，没有关联的。在于财务怎么做账了，这个也是为什么老会计比较受欢迎。
再说下，就算你把支票支付给你业务来往的公司，对方如果转出去，一样跟给你开票的公司对不上的。