大学毕业时把户口和档案转到单位，转不转有什么实际的差别？

没什么区别,另外社保和档案无关.

如果你进的不是国企\机关\事业单位,档案基本是作废了,没什么用.
当然万一要有用呢,所以档案是不能丢的,但是基本无用处.

至于户口,看你以后在哪里生活了，如果决定在单位的城市生活,那就迁过去,以后买了房子,迁到自己家.如果决定做一段时间而已，那还是别迁了，省得麻烦.

办理各项社保是需要档案的，而且以后调动工作也须要人事档案，对自己的前途是很有用的东西
就户口而言，单说结婚就得用的到，在身边还是方便的

建议你最好转了，除非转比不转更没有益