公司的注册款是用的别人的钱,还给人家后,出现的问题

你这是属于虚假出资的违法行为，如果情节严重的，会被追究刑事责任，不过一般的话都只是罚款。
帐是否被工商局拿走了？如果没有拿走，那你现在赶快做假帐，以公司的名义借给他们公司或者其他人。如果已经被拿走了的话，那就没办法了。

其实工商所说的就是抽逃注册资金,找找人请个客就行了,没有那么严重。以后再做帐时，注意不要太明显的，或做个假借款当老板借走了。