我的一台电脑只有在打开VPN软件登录外地的服务器后，IE才能上网。

你的公司可以是个内网啊，你上是想上外网要向公司的端口申请一下吧！只有登陆一下才能上外网

请问你是否处于某局域网或者非广域网的网络中？
假如如此，那么需要与网关协商，估计是屏蔽了你访问外网的某端口。
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按照问主的叙述那么你是处于局域网中，估计是路由没有设置好。
或者是机子的IP、子网掩码设置不正确。

重做一下系统更快速点吧。