where are you going?

are doing
现在进行时

be going是将来是的固定式，和will go一样意思
你要去哪儿？

因为是表达一个人在某个地方碰到了熟人，问他：“你现在正在去哪里的路上？”是现在进行时

be going
是将来时，将要去哪里
类似于where will you go
但是这种说法比较生硬，还是用where are you going 比较正宗