南京市博物馆和南京市博物馆

不一样！
南京博物院http://baike.baidu.com/view/50237.html
是我国第一座由国家兴建的国立大型综合博物馆，它坐落于南京市紫金山南麓、中山门内北侧，占地7万余平方米，两座陈列馆（历史陈列馆和艺术陈列馆）建筑面积3.5万平方米，均为仿辽宫殿式建筑，黄瓦红柱,巍峨壮观。院内草木葱茏，各种石刻文物点缀其间，人文景观与自然景观相映成趣。

南京博物馆http://baike.baidu.com/view/221757.htm
南京市博物馆位于南京朝天宫内，是一座反映南京历史文化的综合性博物馆，是江苏省、南京市爱国主义教育基地。半个多世纪以来，南京市博物馆担负着南京地区的地下考古发掘，零散文物征集，文物展示与保管，科学研究，宣传教育工作。馆藏文物十万多件，集中反映了古都南京的历史文化特色。

中山门的博物馆比较好啦，周恩来亲自说不许改名叫江苏省博物馆的，它是民国时期的国家博物馆噢。里面有很多宝物。
博物院在朝天宫，就是展示些六朝遗迹什么的，主要是讲南京。
博物馆曾经免费开放，不知道现在啊还是不是
博物院要门票的。