复旦大学数学系、物理系、化学系哪个最好？

没说具体城市，查阅你的资料才知道你是上海的，呵呵，那就给你上海近几年的信息。但是关于专业你说的太笼统了，每个系都有具体专业的，不同专业分数线也不同。复旦本身就是以理科基础学科见长的，所以我就给你这其中最代表的吧，数学给你数学与应用数学，物理给你物理学，化学给你化学专业，这三个相关专业的平均分数线吧：

年份 数学与应用数学 物理学 化学
2008 547 538 535
2007 546 532 522
2006 575 551 542
2005 --- --- 540
2004 --- --- 532
2003 --- --- 529

03到05的物理和数学平均分数线实在找不到了，对不起。
复旦是一所以文科和理科基础学科见长的名校，理科中最具杀伤力的就是数学，在国内，数学基础学科比较好的院校排名：北大，复旦，浙江大学，北京师范大学，中国科技大学数学，清华大学，南京大学，山东大学。应用数学比较号的院校北大，清华，浙大，南开，中国科学技大学，复旦大学，华东理工大学。

很明显是数学来着……
www.fudan.edu.cn
网站上是有分数的

明显数学，无论从专业本身的对比，还是分数来看，还是专业口径来说。

明显数学。