一年间にわずか数センチメートルという非常にゆっくりとした速度ではあるが、海底は确実に动いている

虽然在一年当中，只是以几厘米的缓慢速度进行，但海底的确是在移动

ではある是前句句尾
主语（移动）省略
移动は一年间にわずか数センチメートルという非常にゆっくりとした速度である
ではある的は又做了强调

一年里以非常慢的速度动了几厘米，但海底确实是在动

一年仅移动数厘米确实是非常慢的速度 但是海底确实是运动的。
ではある其实就是である 用于文章中 ではあるが相当于だが