城镇居民医疗保险和新型农村医疗保险在哪个部门缴费的？

前者在你单位交,最终要交到主管你单位或者社区的劳动和社会保障部门,并有他们负责发放.
后者在你村镇的卫生院叫,最终要交到县以上的卫生局和财政局,最终由设在县级卫生局的新型农村合作医疗办公室发放.
现在因为这项工作有极大的资金节余(个人交的和国家补贴的根本用不完),也就是说有利可图,两个部门开始互相争夺地盘了.尤其是劳动和社会保障部门把手已伸向了在校的农村中小学校,声称他们的医保应有该部门收取.两家在打架呢.

城镇居民的在你单位或户口所在地的区县级的社保所交缴。
新农村的在你们村或是镇里面的社保所。