我单位是一物流企业，我刚刚任会计，现有一笔业务：下面说

支付运输公司运费5000元,对方开具发票,帐务处理:
借:主营业务成本 5000
贷:银行存款 5000

甲公司付给你方运费5500元,帐务处理:
借:银行存款 5500
贷:主营业务收入 5500

物流公司的成本应单指运输货物发生的成本,即汽车运输费,油费,路费,司机人工等,而其他的支出与运输货物没直接关系的即可划入费用,这只是片面而言,具体还是靠自已判断.

甲公司付给你方运费5500元,帐务处理:
借:银行存款 5500
贷:主营业务收入 5500
对方开具发票,付委托运输公司运费5000元,帐务处理:
借:主营业务成本 5000
贷:银行存款 5000

这票活你们没赚钱啊
你们给运输公司的运费是成本，做主营业务成本，你给甲公司的发票是收入，做你们的主营业务收入

借:营业费用 5000
货:银行存款 5000
借:银行存款 5500
货:营业费用 5500