我想与菲律宾籍丈夫在中国申请离婚，请问该怎么办？

这种事情可以询问一下律师事务所或者是使馆之类的地方~~~

这个有点复杂诶，你需要找菲律宾的律师的，要花点钱的，在菲律宾离婚是很麻烦的，有宗教原因，但是只要肯花钱还是能处理的，只是时间可能会拖的比较久，我可以提供一些道听途说的信息，我估计你丈夫是不太可能出面解决的，所以你可以找律师打官司告他，什么罪名么你随便想一个，分开时间比较久也可以做文章的，可以说他没尽义务什么的，反正想个足够让法院判你离婚的理由，然后法院会发传票给他，估计他是不会出庭的，或者说根本找不到他，那么法院传唤3次就可以判他个什么拒不出庭什么的罪名，我也忘记叫什么了，反正他不出庭是他的错。慢慢耗几年就能判下来了，期间可以叫律师给法官塞钱，就是行贿，这样速度会快一点，反正在菲律宾打官司都要很久的

看你们结婚登记在哪里了 ~ 如果在菲律宾登记就要去菲律宾找律师办理手续，然后手续在中国使馆公正后 就可以到中国取消你的婚姻记录了（菲律宾是否有无离婚法你要问菲律宾的律师，有可能有这个法律但是你是外国人，不适合你）
如果在中国登记很容易就取消了

“中华人民共和国公民和外国人结婚适用婚姻缔结地法，离婚适用受理案件的法院所在地国法律。”（《民法通则》第147条）
“我国法院受理的涉外离婚案件，离婚以及因离婚而引起的财产分割，适用我国法律。认定其婚姻是否有效，适用婚姻缔法地法律。”（《意见》第188条）
你的这种情况，可以在我国法院提起诉讼，你孩子的国籍可改可不改，手续比较麻烦点，保留应该是没什么问题。但上学什么的可能是个问题。

离的好，现在很多人都想扁菲律宾人

可能性不大，因为估计你的原夫不愿意来中国解决，如果他同意来华处理此事是可以的。