企业实际所有者和法定代表人不是同一人，出现问题法律会把企业判给哪方？

这要看双方的取证，以及具体情节，不能一概而论

楼上说的对。

当然判给实际所有者，也就是股东。法定代表人有时候只是企业所有人聘用的员工。
打个比方吧，国有企业，法定代表人是谁？但企业实际所有者是国家，想免就可以免掉法定代表人。
私营企业也一样。

法定代表人就是个职务，老板任命的职务。