如何知道系统中的文件被那个程序使用过？

这个不好说，一般在进程里看哪个文件被使用，最好不要动系统里的文件，你可以试试清理系统垃圾，用360试试。
做个批处理 在写字板里将以下内弄复制到写字板里面，然后保存为 .bat格式
@echo off
echo 正在清理系统垃圾文件，请稍等......
del /f /s /q %systemdrive%\*.tmp
del /f /s /q %systemdrive%\*._mp
del /f /s /q %systemdrive%\*.log
del /f /s /q %systemdrive%\*.gid
del /f /s /q %systemdrive%\*.chk
del /f /s /q %systemdrive%\*.old
del /f /s /q %systemdrive%\recycled\*.*
del /f /s /q %windir%\*.bak
del /f /s /q %windir%\prefetch\*.*
rd /s /q %windir%\temp & md %windir%\temp
del /f /q %userprofile%\cookies\*.*
del /f /q %userprofile%\recent\*.*
del /f /s /q "%userprofile%\Local Settings\Temporary Internet Files\*.*"
del /f /s /q "%userprofile%\Local Settings\Temp\*.*"
del /f /s /q "%userprofile%\recent\*.*"
echo 清理系统垃圾完成！
echo. & pause

很难确定，一般系统文件都在后台运行的