质量管理体系中可以将作业指导内容合并到程序文件中，而没有单独的作业指导书吗？

可以，但不好！何为程序？与作业文件在文件管理中是有所区别的。

作业文件是针对岗位、工序或具体过程环节规定具体操作步骤、内容和方法的文件。它主要 是指工作细则(规程)和作业指导书。工作文件涉及到组织的各个部门及方方面面，其中作业 细则(规程)主要是提供给科室和管理部门人员使用，如部门岗位职责、供应商评估工作细则 、库房物料管理规程等等；作业指导书主要对现场工作人员的操作步骤和要求提出具体的指 导，如工序作业指导书、检验或试验指导书等等。
作业文件和程序文件是有差别的，程序文件一般用于管理层和各部门、科室，而作业文件是 具体操作者使用的文件。程序文件主要是对一项活动的职责、工作范围、工作步骤作了规定 ，对具体工作细节通常都没有进行规定。作业文件是针对某一具体工作做的详细规定，并提出了允许做和不允许做等注意事项。一般情况下程序文件涉及到部门，而工作文件只针对其 具体的工作或作业，只针对某一具体岗位而制订。它是在现场应用较广泛的文件。

作业指导书是第三层次文件，当然有，而且必须有。。
由它来支持第二层次文件（程序文件），所以程序文件中要体系相应的第三层次文件的内容。。。