工厂强制对员工的车辆进行检查是否违法？

是违法的，有点法律知识的都应该知道，搜身或搜查都要出具公安部门的搜查令，警察在一般的情况下都不能随意搜查，那些保安是谁赋予他们的权力呢？
建议向工会提议，实在不能解决就需要向派出所报案，或联系当地电视台或报纸进行曝光。