构成基因的碱基数占碱基总数的比例不超过2% 说明什么?

首先，真正编码基因的碱基很少

其次，非编码区也有很多作用，比如说：
编码rRNA等非表达RNA，
稳定染色体结构（端粒，比如说），
构成染色体结构（着丝粒，比如说），
形成了突变及进化的基础（编码突变成非编码，反之亦可），

等等等等……

回答补充：
简单点儿说，就是任何生物的DNA都不全是基因。这里还需要重新阐述一下基因的定义：编码蛋白质的DNA片段。
以rRNA为例（这个你总该学了吧，就是构成核糖体的RNA片段），它本质上不是一个蛋白质，但是目前除了某些特例之外，RNA都是以DNA为模板合成的（过程和mRNA基本相同），所以基因组上就会有一部分DNA是用来编码rRNA的。不过因为这部分DNA编码的rRNA并不翻译成蛋白质，所以不能称之为“基因”，但其存在对于生物体来说又是必不可少的，所以也是非常重要的DNA序列。
其它非编码基因的作用基本大同小异，它们也都不会被翻译成任何蛋白质，但是对生物体来说也都是非常重要的组成。

对于最后关于突变进化的问题，你可以这样理解：
通过对各种生物的基因组的研究，我们基本上可以得出这样一个结论——越高等的生物体内DNA越大，其中非编码DNA就越多。简单的生物，比如病毒（这个东西到底算不算生物，学界还有争执），其中几乎所有的DNA（或者RNA）都是用来编码蛋白的，有些蛋白的DNA序列甚至是重叠的（简单理解成一段DNA序列编码了蛋白质A的尾巴，同时又编码了蛋白质B的头）。在漫长的繁殖过程中，有些基因因为自然的突变失去了原有的活性，成为非编码区；有些基因则通过突变而产生了具有新功能的、更有利于生物体生存的蛋白质；有些DNA序列通过突变达到了稳定整个DNA分子的作用；而有些已经成为非编码区的DNA也可以通过突变重新变成编码蛋白质的基因……久而久之，由于DNA序列的增多、减少以及改变，新的物种就诞生了，而这就是进化～

基因是有遗传效应的片段，在非编码区的碱基不构成基因的。