怎么在NCBI上查酵母中的TPS/TPP基因序列

一般而言，在NCBI（也就是Entrez数据系统）查基因序列，主要是搜索的NCBI的Genbank数据库的核酸与蛋白质序列，方法见六零六406。由于Genbank起初是一个类似BBS的序列数据库系统，虽然目前有人工核对序列，但其数据库中的序列质量还是不如Swissprot数据库。最近，我们在投递序列过程中，其管理员与我们进行了很多的交流（基本上都是PhD）,所以他们肯定也开始注重数据质量了。但是，从数据规模上，NCBI还是比较全的，毕竟它有与EBI和DDBJ的数据每日交换机制。另外，NCBI提供的blast服务，也可以帮助你获得更多的同源序列。

因此，我建议首先从Swissprot上查询，下面以TPS为例：

1 搜索swissprot中的TPS基因

http://www.uniprot.org/uniprot/?query=TPS&;sort=score

我们得到两个酵母相关基因，利用你的专业知识判断选择一个或两个。

2 点击进入P38426 (TPS3_YEAST)，查看蛋白质序列是否你想要的。

3 进入NCBI的Blast服务页面，

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

在basic blast部分，你有两个选择：1）protein blast->搜索蛋白质序列；2）tblastN->搜索核酸序列。

4 进入程序搜索页面，将Swissprot的登录号P38426贴如输入框。

5 再下面就是如何使用Blast。

6 在Blast的结果中，你可以根据序列的相似性找你感兴趣的基因序列。

附图：一个blast的结果

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