文件上加盖公章，传真后的文件上的公章还有效么？

不知道你是不是传真合同，你可以在文件上注明本文件传真具有同等法律效力。
1、 根据合同法有关规定，对方对方确认后盖章以传真的形式发给你们，即是对你们要约的承诺，合同自传真到达你公司时成立。
2、传真件合同文本同样具有证明合同成立的证明能力，但司法实践中仍需其它证据补强，如电信公司传真电话记录单。
3、依法成立的合同受法律保护，任何一方不得擅自解除合同。

不知是什么文件，应用在哪里。
一般复印件是有效的。除非要提供正本公章的那种。